Balyoz sorşrurmasında Korgeneral Nejat Bek'in de gözaltına alındığı iddia edildi. Ancak konuyla ilgili net bir bilgi edinilemedi. Konuyla İlgili Vali Atış, Nejat Bek örevinin başında derken, DHA,BALYOZ Operasyonu kapsamında gözaltına alınan subaylar arasında 6'ncı Kolordu Komutanı Korgeneral Nejat Bek de yer aldığını duyurdu.
Adliyeye sevk edilen subaylar arasında bulunan Korgeneral Nejat Bek, 14 Ağustos 2008'de yapılan devir-teslim töreninde, Kara Kuvvetleri Komutanlığı Eğitim ve Doktrin Komutanlığı Yardımcılığı'na atanan Korgeneral Muzaffer Şen'den görevi devralmıştı. 5 Ocak 2010'da Adana'nın düşman işgalinden kurtuluşunun yıldönümü nedeniyle Genelkurmay Başkanlığı Mehteran Bölüğü'nü de Adana'ya getirten, bölüğün gösterilerinde halkla buluşmasını sağlayan Bek'in adı, Taraf Gazetesi'nin yayınladığı Balyoz Planı'nda da geçiyordu.