2. Tur Eşleşmeleri şu şekilde oluştu;
TKİ TAVŞANLI - BUGSAŞSPOR
EYÜPSPOR - BUCASPOR
Ç.RİZESPOR A.Ş - ÇORUMSPOR
GAZİOSMANPAŞA - GİRESUNSPOR
KARŞIYAKA - ÜNYESPOR
ŞANLIURFASPOR - DENİZLİSPOR
G.ANTEP BLD - GÖZTEPE A.Ş
KONYA TORKU - KONYASPOR
KASIMPAŞA - BANDIRMASPOR
ADANA DEMİRSPOR - K.ERCİYESSPOR
BOLUSPOR - FETHİYESPOR
ADANASPOR A.Ş - KARTALSPOR
DİYARBAKIRSPOR - GÜNGÖRENSPOR
AKHİSAR BLD. - ALTAY

Tek maç eleminasyon usulünde yapılacak 2.turda, ilk kademede rakibine üstünlük sağlayan Gaziosmanpaşa, Eyüpspor, Ünyespor, Bugsaşspor, Çorumspor, Bandırmaspor, Göztepe A.Ş., Fethiyespor, Şanlıurfaspor, Konya Torku Şekerspor ve Adana Demirspor ile birlikte 2010-2011 sezonu sonunda Spor Toto Süper Lig'den düşen 3 takım ve aynı sezon Bank Asya 1.Lig'de oynayan, Spor Toto Süper Lig'e yükselemeyen 14 takımın oluşturacağı 28 takım, tek maçlı eleme usulüne göre oynayacak.
Bu turda, 1.eleme turundan gelen 11 takım, Spor Toto Süper Lig'den düşen 3 takım ve geçen sezon Spor Toto Süper Lig'e yükselemeyen takım sıralamasında ilk 8 sırada yer alan Bank Asya 1.Lig takımları birbiriyle eşleşti. Geçen sezon Bank Asya 1.Lig'de sıralamada geriye kanan 6 takım da kura usulü, birbiriyle eşleşti.
21 ve 22 Aralık 2011'de yapılacak maçlar, kurada küçük numarayı çeken takımın sahasında oynanacak. Turu geçen 14 takım bir üst kademeye yükselecek.

50. Yılda Yeni Statü
Türkiye Futbol Federasyonu tarafından yenilenen Türkiye Kupası statüsünde grup maçları kaldırıldı. Bu sezon eleme usulüne göre yapılacak olan kupada tüm profesyonel liglerden 57 takım mücadele edecek.
İlk 4 eleme turunun ardından final aşamasına geçilecek kupada, çeyrek final maçları, dördüncü eleme turunda tur atlayan sekiz takım arasında TFF tarafından belirlenecek tarafsız sahada tek maçlı eleme usulüne göre oynanacak.
Kupada yarı final müsabakaları da, çeyrek finalde tur atlayan dört kulüp arasında TFF'nin belirleyeceği tarafsız sahada tek maçlı eleme usulüne göre yapılacak. Eşleşmeler, çeyrek final müsabakaları kura çekimi sırasında belirlenecek.
50.Türkiye Kupası finali ise, yarı finalde tur atlayan iki takım arasında tarafsız sahada tek maç üzerinden oynanacak.